通过式抛丸机工作时，当准备工作(除尘系统、分离器、提升机、横向螺旋输送器、纵向螺旋输送器、辊道、抛丸器等)运行完毕后，机器开始正常工作。首先，在室体外将工件放在辊道上，通过辊道输送进抛丸清理室，此时打开供丸闸，开始对工件进行抛丸清理，清理完毕，关闭供丸闸，工件通过辊道输送出室体外。
重复上述过程直至工作完毕，按顺序停机。以下为其操作规程。
1. 除尘系统运行
2. 分离提升开
3. 螺旋输送器开
4. 抛丸器1-2开
5. 将工件放在辊道上
6. 辊道系统开
7. 供丸闸开，清理开始
8. 工件依次通过抛丸清理室
9. 全部工件清理完毕后
10. 供丸闸门关
11. 辊道系统停
12. 抛丸器停
13. 螺旋输送器停
14. 提升机停
15. 除尘器停，整机工作停止。